Разрешил проблему которая несколько портила мне жизнь в течении полугода. А именно мигрировал я один сервер с Debian на Lubuntu, и дело в том что там нужны GUI. Так вот если на Debian все было хоршо то на том же самом железе в Lubuntu проблемы с отрисовкой окон, графики в браузере, причем каким-то хитрым образом, не отрисовывается только в верхней 1/3 части экрана, если окно подвигать то вроде там что-то прорисовывается но все вцелом начинает тормозить. Да и все это работает по VNC, через модуль VNC прописанный в xorg.conf. Решение проблемы как всегда пришло случайно, ставил что-то из репозитория и поставил случайно какую-то простенькую игрушку – и там та же самая проблема, не отрисовывается ровно 1/3 верхняя экрана, это навело меня на мысль что сейчас и в браузере используется 3D, и что-то с ним не так. Поставил mesa-utils, запустил glxgears – и тут опять эта проблема. ну значит точно проблемы с 3D. Сравнил на двух системах xorg.conf – и пришел к парадаксальному выводу – они вообще эдентичны. Погуглив стандартные переменные на встроенную графику Intel (HD4000) нашел такие параметры (которые вообще-то должны выставлятся стандартно)

Option     "AccelMethod"	"uxa"
Option     "DRI"	"2"

Перезагрузился, и все нет в glxgears и соответственно других нужных мне программах более никаких тормозов и проблем с отрисовкой. Правда что это было я не понял, возможно Lubuntu в драйвере для Intel не инициализирует этих переменных по умолчанию, хотя вроде бы должно.